وبينت الصحف الإسرائيلية، أنه في الوقت الذي يلزم فيه القانون أن يتخذ أي قرار بشأن تحرير أسرى أو مسجونين لدول أجنبية في إسرائيل، بقرار من الحكومة بهيئتها العامة، أو عبر المجلس الوزاري المصغر للشؤون الأمنية، إلا أن صفقة باومل مقابل الأسيرين السوريين تمت من وراء ظهر الحكومة ووزراء الكابينت السياسي والأمني وبسرية تامة.
وبحسب ما نقلت "هآرتس" و"يديعوت أحرونوت" في هذا السياق، فإن نتنياهو اكتفى بطلب رأي قانوني من المستشار القانوني للحكومة الإسرائيلية بشأن تمرير الصفقة، وقد أقر الأخير أمر الموافقة على تحرير الأسيرين السوريين، بفعل الظروف الخاصة. في المقابل، أعلنت وزيرة القضاء أيليت شاكيد في معرض دفاعها عن القرار أنها كانت على علم بأمر القرار منذ اللحظة الأولى وأنها رافقت المسار القضائي للقانون.
وقد لفتت صحيفة "يديعوت أحرونوت"، في سياق الحديث عن الصفقة، إلى أن تعبيرات مكتب ديوان رئيس الحكومة عن بادرة حسن نية، لا يعكس ما حدث بالضرورة، وأنه بحسب رواية مكتب نتنياهو، فإن نظام الأسد هو الذي طلب بادرة حسن نية من قبل إسرائيل، بفعل الإحراج الذي سببه للنظام إعادة رفات الجندي الإسرائيلي، زخريا باومل، لا سيما وأن التقارير التي رافقت الموضوع، قبيل الانتخابات الإسرائيلية بخمسة أيام، تحدثت عن تعاون من قوات النظام السوري نفسه مع القوات الروسية في سورية للبحث عن رفات الجندي الإسرائيلي، ناهيك عن الضربة التي تلقاها النظام السوري مع إعلان الرئيس الأميركي دونالد ترامب الاعتراف بالسيادة الإسرائيلية على الجولان المحتل.
ولفتت مئير، في هذا السياق، إلى "صمت" اليمين الإسرائيلي الغريب حول هذا القرار، خاصة وأنه ينسحب مستقبلا على مسألة تبادل أسرى مع "حماس" مقابل جثامين جنود إسرائيليين تحتفظ بهم المقاومة، وأشهرهم هدار غولدين وأورون شاؤول.
إلى ذلك، تثير الصفقة شكوكا حول كل التقارير الإعلامية التي بثها الإعلام الإسرائيلي عشية استعادة رفات الجندي زخريا باومل، حول عمليات استخباراتية معقدة وشائكة قام بها الجيش ووحدات خاصة لشعبة الاستخبارات العسكرية لتحديد موقع وجود رفات باومل.