مرّت كتائب شهداء الأقصى منذ انطلاقتها في انتفاضة الأقصى في 28سبتمبر/أيلول عام 2000 بتحديات كثيرة. اعتقل واغتيل قادتها على يد الاحتلال. أما داخليّاً، فتمت محاصرتها وخصوصاً بعد قرار تفكيكها في 2008، لكن رغم ذلك تؤكد التمسك بالكفاح المسلح كاستراتيجية.
