ونصّ القانون على تولي أعضاء المجلس، وفق تشكيله الأخير، تسيير شؤونه لحين تشكيل مجلس جديد، وأن يبدأ مجلس النواب في إجراءات تشكيل مجلس جديد خلال 30 يوماً من تاريخ العمل بالقانون، أو من أول دور انعقاد له، وتغيير ثلث الأعضاء عقب انتهاء الدور الأول للمجلس الجديد.
ويبدأ مجلس النواب في إجراءات تشكيل المجلس قبل انتهاء مدته بستين يوماً على الأقل، في ضوء ترشيحات المجالس القومية، والمجلس الأعلى للجامعات، والمجلس الأعلى للثقافة، والنقابات المهنية، وتُسمي اللجنة العامة للبرلمان المرشحين لعضوية المجلس مع مراعاة التمثيل الملائم لفئات المجتمع.
ونصّ القانون على اختيار مجلس النواب لرئيس المجلس، ونائبه، والأعضاء، بموافقة أغلبية أعضائه، على أن يلتزم كل من أعضاء المجلس بتقديم إقرار ذمة مالية إلى البرلمان عند قرار تعيينهم، وفي نهاية كل عام، وعند انتهاء مدة المجلس، وإذا تلقى أي منهم هدية نقدية أو عينية بسبب عمله في المجلس أو بمناسبته، فعليه أن يفصح عن ذلك بكتاب يُعرض على المجلس، مع تحديد الشخص أو الجهة المقدمة للهدية، وتؤول ملكيتها إلى المجلس متى جاوزت قيمتها ثلاثمائة جنيه.
وبحسب مشروع القانون، يُشكل المجلس القومي لحقوق الإنسان من رئيس، ونائب رئيس، وخمسة وعشرين عضواً، يتم اختيارهم من بين الشخصيات العامة المشهود لها بالخبرة، والاهتمام بمسائل حقوق الإنسان، على أن يكون من بينهم أحد أساتذة القانون الدستوري بالجامعات المصرية، لدورة مدتها أربع سنوات، ولا يجوز تعيين أي منهم بالمجلس لأكثر من دورتين متتاليتين.
ويُبدي المجلس القومي لحقوق الإنسان الرأي في مشاريع القوانين، واللوائح المتعلقة به، وبمجال عمله، ودراسة الادعاءات بوجود انتهاكات لحقوق الإنسان، وتقديم ما يلزم من توصيات في شأنها للجهات المختصة بالدولة، ووضع خطة عمل قومية لتعزيز وحماية حقوق الإنسان في مصر، واقتراح وسائل تحقيق هذه الخطة.
ويضع المجلس تقريراً سنوياً عن حالة حقوق الإنسان، كما يتضمن جهوده ونشاطه، وما يراه من اقتراحات في نطاق اختصاصاته، ويقدم المجلس تقريره إلى كل من رئيس الجمهورية، ومجلس النواب، ومجلس الوزراء.
ويشترط مشروع القانون في رئيس المجلس، ونائبه، والأعضاء، أن يكون مصرياً متمتعاً بحقوقه المدنية والسياسية، وأن يكون قد أدى الخدمة العسكرية أو أُعفي من أدائها قانوناً، وألا يكون قد صدر ضده حكم قضائي نهائي في جناية أو جريمة مخلة بالشرف أو الأمانة، وألا يكون عضواً بأي من السلطات التنفيذية أو السلطة التشريعية أو الجهات والهيئات القضائية.
كما نص على أن تكون موازنة المجلس مستقلة، تعد على نمط الموازنة العامة للدولة، وتشتمل على إيراداته، ومصروفاته التفصيلية، وتبدأ السنة المالية وتنتهي مع بداية ونهاية السنة المالية للدولة (تبدأ السنة المالية في مصر مطلع يوليو من كل عام)، مع إخضاعها لرقابة الجهاز المركزي للمحاسبات.
وتتكون موارد المجلس من الاعتمادات التي تخصص للمجلس في الموازنة العامة للدولة، والهبات والمنح والإعانات، التي يقرر المجلس قبولها طبقاً للقوانين والإجراءات المنظمة لذلك. وفي حال تقديمها من جهة أجنبية يلزم لقبولها موافقة البرلمان ما لم يترتب عليها التزامات متبادلة، إلى جانب إنشاء حساب خاص لحصيلة هذه الموارد في أحد البنوك الخاضعة لرقابة البنك المركزي المصري، على أن يراعى ترحيل فائض موازنة المجلس إلى السنة المالية التالية.